Secbase - secondary structure elements and ligand binding

Secbase - secondary structure elements and ligand binding

Relibase is an object-oriented data management system [1] that stores structures of three dimensional protein-lig-and complexes deposited in the PDB. Secbase is a modular extension of Relibase that integrates information about secondary structural elements assigned to each individual protein structure in Relibase. In addition to information about helices and β-sheets retrieved from the PDB, we ...

Structure-Based Protein-Ligand Binding

This lecture first talked about the uncertainty and dynamics in the protein-ligand docking, and then reviewed some methods for flexible protein-ligand docking. In this subsection, we will talk about the possible uncertainties in crystal structures from X-ray diffraction. Interpretation of X-ray raw data. The raw diffraction data are generally converted to an electron density map by inverting th...

The database of RNA secondary structure elements

M.A. Roytberg, Institute of Mathematical Problems in Biology, Pushchino, Russia, Higher School of Economics, Moscow, Russia, [email protected] We propose a new definition of the loop, which on the one hand is a generalization of the definition of Mathews-Turner [1], and on the other hand allows to divide into loops an arbitrary secondary structure, not only the pseudoknot-free structure. Bas...

Automatic Protein Structure Clustering Using Secondary Structure Elements

مطالعه شیمی فیزیکی ساختمان لیزوزیم به روش ligand binding

پروتئینها فراوان تری مولکولهای آلی در بدن جانداران می باشند. آنزیم ها یکی از مهمترین نوع پروتئینهای کروی می باشند که بعضی از فعالیتهای حیات بدانها وابسته است . لیزوزیم اولین آنزیم شناخته شده است . این آنزیم دارای 129 واحد اسید آمینه در زنجیر پلی پپتیدی و چهار پیوند سیستئین درون زنجیری می باشد. لیزوزیم به دلیل دارا بودن اسید آمینه های باردار توان پذیرش بعضی از لیگاندها را دارا می باشد. در این پا...